MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 215

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017780	CT	3	6	44	49	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017780	TTTC	2	8	55	62	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017780	CCT	2	6	64	69	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_017780	T	7	7	72	78	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017780	T	6	6	88	93	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017780	CAAA	3	12	116	127	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017780	AAAT	2	8	128	135	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017780	TA	3	6	137	142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017780	GAAT	3	12	148	159	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017780	TAG	2	6	212	217	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017780	AT	3	6	225	230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017780	AGATA	2	10	249	258	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017780	CTTTA	2	10	281	290	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017780	TTATT	2	10	305	314	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017780	TAA	2	6	318	323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017780	ATT	2	6	334	339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017780	CTT	2	6	876	881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017780	CAG	2	6	936	941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017780	CCT	2	6	1008	1013	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_017780	TAT	2	6	1024	1029	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017780	TAT	2	6	1132	1137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017780	AAT	2	6	1143	1148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017780	A	6	6	1167	1172	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017780	GATTT	2	10	1214	1223	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017780	ATA	2	6	1229	1234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017780	TAA	2	6	1332	1337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017780	ATA	3	9	1346	1354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017780	TATC	2	8	1415	1422	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017780	CAC	2	6	2491	2496	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_017780	CAT	2	6	2497	2502	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017780	ATT	3	9	2507	2515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017780	CTT	2	6	2521	2526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017780	CT	3	6	2533	2538	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017780	TC	3	6	2539	2544	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017780	CT	3	6	2545	2550	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017780	TTC	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017780	N	1215	1215	2573	3787	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017780	ACC	2	6	3900	3905	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_017780	ATC	2	6	3949	3954	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017780	TTA	2	6	3988	3993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017780	A	6	6	4022	4027	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017780	ATCA	2	8	4032	4039	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017780	TAA	2	6	4137	4142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017780	ATATT	2	10	4143	4152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017780	AAC	2	6	4197	4202	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017780	TAAG	2	8	4217	4224	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017780	TAT	2	6	4254	4259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017780	CAAT	2	8	4314	4321	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017780	TCAT	2	8	4367	4374	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017780	TAA	2	6	4432	4437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017780	AAT	2	6	4898	4903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017780	ATTT	2	8	4914	4921	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017780	A	6	6	4929	4934	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017780	TA	3	6	4973	4978	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017780	ATA	3	9	4976	4984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017780	A	8	8	5039	5046	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017780	AAAT	2	8	5106	5113	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017780	ATA	2	6	5114	5119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017780	ATA	2	6	5160	5165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017780	AAT	2	6	5200	5205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017780	ACA	2	6	5223	5228	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017780	AAT	2	6	5230	5235	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017780	AATA	2	8	5251	5258	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017780	CAAT	2	8	5279	5286	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017780	N	1086	1086	5294	6379	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017780	TGA	2	6	6418	6423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017780	AGAAT	2	10	6453	6462	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017780	ATA	2	6	6465	6470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017780	CGC	2	6	6483	6488	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_017780	ACT	2	6	6524	6529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017780	AGATAA	2	12	6586	6597	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017780	GA	3	6	6621	6626	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017780	TTTAG	2	10	6637	6646	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017780	TAA	2	6	6653	6658	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017780	TAA	3	9	6671	6679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017780	ATT	2	6	6785	6790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017780	TTAT	2	8	6807	6814	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017780	TA	3	6	6873	6878	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017780	ATG	2	6	6887	6892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017780	TCTT	2	8	6906	6913	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017780	TAT	2	6	6925	6930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017780	ATT	2	6	6933	6938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017780	ATT	2	6	6942	6947	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017780	TGTT	2	8	6962	6969	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017780	TA	3	6	7554	7559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017780	TA	3	6	7564	7569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017780	TA	3	6	7591	7596	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017780	AT	3	6	7606	7611	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017780	GTT	2	6	7615	7620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017780	CAA	2	6	8511	8516	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017780	T	7	7	8527	8533	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017780	AAT	2	6	8541	8546	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017780	ATA	3	9	8577	8585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017780	ATT	2	6	8589	8594	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017780	TAT	2	6	8603	8608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017780	TGT	2	6	8620	8625	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017780	ATT	2	6	8685	8690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017780	AT	3	6	8706	8711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017780	TTA	2	6	8715	8720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017780	TAT	2	6	8743	8748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017780	TTA	2	6	8749	8754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017780	AAATT	2	10	8755	8764	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017780	TTA	2	6	8778	8783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017780	TAT	2	6	8795	8800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017780	TTTA	2	8	8807	8814	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017780	TAA	2	6	8822	8827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017780	TAA	2	6	8832	8837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017780	ATTT	2	8	8838	8845	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017780	TAAA	2	8	8872	8879	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017780	TGTTTT	2	12	8930	8941	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017780	AT	3	6	8942	8947	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017780	T	6	6	8959	8964	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017780	ATT	2	6	8988	8993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017780	ATA	2	6	8997	9002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017780	ATATA	2	10	9005	9014	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017780	AT	3	6	9019	9024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017780	TATAAA	2	12	9026	9037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017780	A	6	6	9082	9087	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017780	A	6	6	9127	9132	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017780	T	6	6	9143	9148	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017780	TCT	2	6	9155	9160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017780	ATT	2	6	9190	9195	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017780	TTTGAT	2	12	9243	9254	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017780	TAT	2	6	9301	9306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017780	TTA	2	6	9307	9312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017780	CAT	3	9	9357	9365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017780	AT	3	6	9379	9384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017780	TAA	2	6	9430	9435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017780	ATG	2	6	9490	9495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017780	AAGCA	2	10	9509	9518	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017780	ATT	2	6	9561	9566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017780	AG	3	6	9586	9591	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017780	T	6	6	9603	9608	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017780	AAC	2	6	9725	9730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017780	A	8	8	9740	9747	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017780	A	6	6	9783	9788	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017780	TAA	2	6	9797	9802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017780	ATG	2	6	9871	9876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017780	TAT	2	6	9879	9884	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017780	TTA	2	6	9941	9946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017780	TA	3	6	9945	9950	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017780	ATG	2	6	9970	9975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017780	T	7	7	9995	10001	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017780	GAT	2	6	10029	10034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017780	GAT	2	6	10038	10043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017780	AGA	2	6	10067	10072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017780	TTA	2	6	10083	10088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017780	AT	3	6	10091	10096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017780	GTA	2	6	10140	10145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017780	A	6	6	10181	10186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017780	CAT	2	6	10240	10245	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017780	AT	3	6	10244	10249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017780	CTT	3	9	10276	10284	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017780	TGA	2	6	10286	10291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017780	AT	3	6	10293	10298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017780	AAT	2	6	10299	10304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017780	N	112	112	10315	10426	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017780	AAAC	2	8	10427	10434	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_017780	AG	4	8	10506	10513	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017780	ACAAA	2	10	10591	10600	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_017780	TAA	2	6	10635	10640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017780	AGC	2	6	10647	10652	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_017780	GTT	2	6	10660	10665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_017780	TA	3	6	10771	10776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017780	GTA	2	6	10796	10801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017780	CTTT	2	8	10802	10809	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
168	NC_017780	TGA	2	6	10812	10817	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017780	TTA	2	6	10831	10836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017780	CAAAA	2	10	11021	11030	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
171	NC_017780	AATAT	2	10	11150	11159	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017780	AT	3	6	11217	11222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017780	T	7	7	11238	11244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017780	TGA	2	6	11259	11264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017780	TAA	2	6	11271	11276	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017780	TGA	2	6	11319	11324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017780	TA	3	6	11330	11335	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017780	ATA	2	6	11351	11356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017780	A	6	6	11469	11474	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017780	AG	4	8	11577	11584	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017780	A	6	6	11643	11648	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017780	TGA	2	6	11703	11708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017780	TAA	2	6	11715	11720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_017780	TTA	2	6	11722	11727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017780	TAT	2	6	11760	11765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017780	ATA	2	6	11789	11794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017780	A	7	7	11811	11817	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017780	TGC	2	6	11838	11843	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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192	NC_017780	A	6	6	12016	12021	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017780	A	6	6	12120	12125	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.